保証の違いは期間と範囲。それによって万一の故障の際の出費が変わることになります。
ノートPC本体の保証は消耗品を除いて1年程度とされることが多いと思われます。特に店頭売りの商品では必要に応じて店舗の延長保証に加入することになるかと思いますが、これらの延長保証は経過年数と共に補償限度額が減少していく車両保険みたいなもので、全損したからといって新品にできるだけの金額補償が行われるわけではありませんし、修理内容によっては追加請求もされるものです。
メーカー直販ではメーカー保証期間の延長を売りとしているところが多くあります。またそうでないところでもオプションとしてメーカー保証期間延長を選択できるところが多くあります。ほとんどの直販で3年~5年程度の保証期間を得ることが可能です。これらは店頭の延長保証と異なり、メーカー保証がそのまま長期になるものであるため補償限度額や追加請求なども無く保証としてはずっと手厚いものです。
当然、製品価格への上乗せもある程度あるかとは思いますが、メーカー直販の場合は販売戦略としてこのようなサービスを提供できることもあり、場合によっては全く店頭価格に引けを取らない安さを維持しながら長期のメーカー保証を獲得できます。店頭の延長保証よりはずっと安心感があるものですので長期間の保証が欲しいのであればメーカー直販は有力な候補になると言えるでしょう。
また、保証の範囲を通常よりも拡大した保証を選択できる製品もあります。自損でも保証の範囲内に入るなど非常に手厚い頼もしい保証ですので、持ち運ぶことが多くて損傷の危険性が高い場合などは選択しておくとより安心かも知れません。